In Pokémon Champions Junior, alcuni strumenti e alcune funzioni non sono disponibili.
• Tra le funzioni che non è possibile sbloccare o utilizzare ci sono: ingaggio, negozio premium, pass lotta premium e missioni.
• Tra gli strumenti che non è possibile utilizzare ci sono: coupon rapidi, biglietti standard e biglietti allenamento.
Se giochi sia a Pokémon Champions che a Pokémon Champions Junior utilizzando lo stesso account, determinate missioni e ricompense potrebbero non essere disponibili anche quando giochi a Pokémon Champions.